1966年“文化大革命”開始后，醫(yī)院遭到摧殘、破壞，首先是王清貴院長住進汾陽縣舉辦的“宗教學(xué)習(xí)班”，后被醫(yī)院造反派抓回批斗。接著王祝康、張哲等院領(lǐng)導(dǎo)被隔離、圍攻。院一級領(lǐng)導(dǎo)和中層干部大多數(shù)被點名批判；知識分子受到壓制、歧視；醫(yī)務(wù)人員不敢鉆研業(yè)務(wù)；管理不善，醫(yī)院物資和器械丟失損壞嚴重；護理人員不安心工作，實行醫(yī)護一條龍，三級護理被取消；醫(yī)務(wù)人員得不到補充，技術(shù)隊伍青黃不接，醫(yī)務(wù)質(zhì)量下降。1968年4月，由于汾陽縣兩派武斗升級，導(dǎo)致醫(yī)院關(guān)門停診。

1969年3月29日，醫(yī)院成立革命委員會，張憲源任主任。當時，張憲源在困難的條件下，帶領(lǐng)全院職工狠抓醫(yī)療工作。在這一階段，根據(jù)上級精神，也搞了“清理階級隊伍”“一打三反”等運動，一些受到錯誤處理，有的下放基層。同時落實“深挖洞”精神，在院內(nèi)城墻根底挖了地下防空洞。

1972年后中共中央提出落實知識分子政策。1975年，又對各條戰(zhàn)線進行整頓，黨的知識分子政策也得到了一定程度的落實，因而這3年醫(yī)院工作在曲折中有發(fā)展。

1969年，醫(yī)院成功搶救本縣孝臣大隊52名食物中毒的農(nóng)民；切除41公斤的巨大股骨巨細胞瘤。1970年，派出醫(yī)療隊下鄉(xiāng)，對當時的農(nóng)村合作醫(yī)療工作給予支持。1971年4月14日，呂梁地區(qū)恢復(fù)組建，從此醫(yī)院作為呂梁東部的醫(yī)療服務(wù)中心，工作量增大，醫(yī)院在整體工作上取得較大進展。1971年12月18日，張憲源出席呂梁地區(qū)首屆黨代會。1971年至1972年，醫(yī)院開展中西醫(yī)結(jié)合治療宮外孕、外科急腹癥，并開展了針刺麻醉。1974年，申請得到省衛(wèi)生廳投資16萬元，進行醫(yī)院舊樓維修，經(jīng)過近一年時間，有50多年歷史的住院樓整修如新。同年成功搶救3·20汽車失火事件一批大面積燒傷患者。這段時期，在辦院方針上，堅持面向農(nóng)村，以縣、社、隊三級醫(yī)療網(wǎng)為基礎(chǔ)，有疫情逐級上報，疑難病人逐級診治，醫(yī)務(wù)人員逐級培訓(xùn)，科研工作逐級指導(dǎo)。通過以上“四逐級”，實行醫(yī)療、預(yù)防、教學(xué)、科研四結(jié)合，受到主管部門的肯定和表彰，中央衛(wèi)生部為此發(fā)了簡報�！渡轿魅請蟆�、山西廣播電臺等多次報道醫(yī)院事跡�！渡轿魅請蟆吩u價當時的汾陽醫(yī)院是：“敞開醫(yī)院大門，熱情接待農(nóng)民群眾；走出醫(yī)院大門，為農(nóng)村送醫(yī)送藥上門；請進醫(yī)院大門，為農(nóng)村培訓(xùn)赤腳醫(yī)生。”1975年3月25日，醫(yī)院黨支部、團支部、民兵連共同出席呂梁地區(qū)群英會。6月26日，《人民日報》刊登汾陽醫(yī)院為農(nóng)村培養(yǎng)醫(yī)務(wù)人員的消息。8年中，培養(yǎng)農(nóng)村醫(yī)生700多人。1974年至1976年，醫(yī)院建起面積1610平方米的3層門診樓1座。1976年，全院床位175張，職工166人。